Le programme scientifique d’Objectif Cétacés se décline en 3 grandes missions.

1ère mission
Suivi régulier des Rorquals communs entre Marseille et Hyères

À une vingtaine de milles au sud-est des îles d'Hyères, se situe une zone de concentration de Rorquals communs, mise en évidence par des études récentes et connue des cétologues ou observateurs.
L’objectif est d’étudier sur la durée les Rorquals qui se rassemblent dans cette zone. Des sorties en mer sont organisées au rythme d’une à deux par mois, suivant les contraintes météorologiques.
Au cours de ces sorties, les scientifiques s’attachent principalement à dénombrer les animaux, à les photographier pour les identifier, à collecter des échantillons de peau, et/ou à effectuer des biopsies.

Les missions thématiques plus longues sont dédiées à des objectifs plus spécifiques :
• Identification et quantification des ressources alimentaires disponibles,
• Observation du comportement des animaux, en particulier leurs cycles de plongée (nourrissage) avec à terme la pose de dispositifs d’enregistrement (Time Depth Recorder – TDR) ou de balises Argos.

La pratique régulière d’observations, de prises de photos, de collectes de lambeaux de peau ou de biopsies permettra d’accumuler des données fondamentales sur l’écologie du Rorqual commun : sexe, informations sur la génétique de l’espèce, déplacements, taux de natalité...
L'analyse des contaminants présents dans les tissus prélevés sur les animaux fournira également des indications essentielles sur l'état de santé des cétacés, et par extension sur celui de la Méditerranée.

Recensement et identification des zones d'hivernage et de nourrissage des Rorquals dans le sud et l'est du bassin méditerranéen.

Les observations hivernales sont rares, mais il semble que près de quatre Rorquals sur cinq quittent la zone du sanctuaire et ses environs immédiats durant l'hiver. Des résultats préliminaires récents, obtenus grâce aux balisages Argos, suggèrent des schémas contrastés entre des animaux capables de quitter la Méditerranée, et d'autres restant plusieurs mois entre Marseille et les îles Baléares, secteurs potentiels d'hivernage de ces animaux.

Mieux connaître ces secteurs et les ressources alimentaires qu'ils sont susceptibles d'offrir à l'espèce est primordial pour la conservation qui doit être envisagée à l'échelle de la Méditerranée.

À l’occasion de campagnes de transects de ligne, menées au printemps, en automne et en hiver, les scientifiques vont ainsi chercher à améliorer les connaissances sur le cycle de vie des Rorquals communs et identifier d'autres sites d'importance pour la conservation des cétacés que le sanctuaire PELAGOS.

Organisation, coordination et participation à une campagne de recensement sur l'ensemble du bassin méditerranéen.

Le dernier recensement des cétacés de Méditerranée remonte au début des années 90. Quoique incomplet et controversé, il sert aujourd’hui encore de référence. Dans le même temps, côté océan Atlantique, les petits cétacés ont fait l’objet d’un recensement très poussé entre 1994 et 2005.

Le décalage est éloquent. Défenseurs de la nature et scientifiques s’accordent depuis plusieurs années sur la nécessité de mettre en place un tel projet sur l’ensemble du bassin méditerranéen. Cette priorité a été rappelée au cours de colloques scientifiques récents organisés par ACCOBAMS.

Dans le cadre d’Objectif Cétacés, la Fondation Nicolas Hulot apportera son appui à l'organisation et la mise en œuvre de cette grande campagne de recensement. Elle consistera en l’organisation de campagnes de transects de ligne sur l'ensemble du bassin avec plusieurs équipes scientifiques embarquées, permettant une évaluation des effectifs des Rorquals communs et des autres espèces de cétacés de Méditerranée.