Par son nombre et ses activités, l’homme a augmenté son impact sur le système naturel au point d’altérer le fonctionnement d’un grand nombre d’êtres vivants et d’écosystèmes.

En zone confinée, (lacs, cours d’eau lents, baies), l’accumulation d’algues en suspension prive la faune et la flore d’oxygène. C’est l’eutrophisation.
Les microbes et virus pathogènes se concentrent dans les eaux littorales. Certains, accumulés dans les coquillages peuvent provoquer des maladies graves (typhoïdes, hépatites…). L’accumulation des toxiques dans les organismes vivants s’amplifie tout au long de la chaîne alimentaire. C’est la bioamplification qui va du plancton à tous les grands prédateurs dont l’homme. Pour freiner la dégradation des zones les plus riches en vie marine, il faut réduire les pollutions à la source.

Si certains effets du changement climatique sont facilement observables (élévation du niveau des mers de 10 à 20 cm depuis un siècle, fonte de la banquise arctique, augmentation des précipitations dans l’hémisphère Nord, etc.) d’autres le sont moins.
Des eaux gelées des pôles aux eaux chaudes des tropiques, l’augmentation des gaz à effet de serre dans l’atmosphère a entraîné des transformations environnementales du milieu marin : augmentation de la température de l’eau, altération des courants océaniques et modification de la chimie de l’océan.
Ces changements perturbent la chaîne alimentaire, la distribution et la productivité des écosystèmes entraînant des impacts sur l’ensemble de la vie marine. Ainsi, une élévation de quelques degrés de la température de l’eau non seulement empêche la croissance des récifs coralliens mais aboutit en plus à la rupture de l’association algues-cellules animales qui constitue ces coraux. C’est le blanchiment et la mort du corail.